税務調査は準備が重要！円滑に進めて早く終わらせる対策とは？

皆さんこんにちは。クラウド会計で経営支援を提供する千葉の税理士、中川祐輔です。

毎週月曜日に、経営者なら知っておきたい「税務調査」についての知識を解説しています。

税務調査とは、税務署が個人事業主や法人の申告内容を確認し、適切な納税が行われているかをチェックするために実施される公式な手続きです。

調査と聞くと緊張する方も多いかもしれませんが、ポイントを押さえて日頃から準備しておけば、必要以上に怖がる必要はありません。

むしろ、会計資料の管理や経理体制を見直す良い機会になることもあります。

この記事では、税務調査が早く終わるケース、長引くケース、それぞれの状況における特徴を整理しながら、税務調査への備え方を具体的に解説していきます。

最後には、調査当日に注意すべき点やトラブルを回避するためのコツもご紹介しますので、ぜひ最後までお読みいただき、今後の事業運営にお役立てください。

税務調査とは何か

まずは税務調査そのものについて、改めて基本を押さえておきましょう。

税務調査は、主に次の目的で実施されます。

申告内容が実際の収支や経費計上と合致しているかを確認する
適正な納税が行われているかどうかを確かめる
不正・脱税の可能性がないかをチェックする

個人事業主・法人ともに対象となり、調査官は事業所や自宅を訪問して、帳簿・領収書・請求書などを詳細に確認していきます。

調査の対象期間は通常、過去数年分（3年〜5年が多い）になることが一般的です。

一方で、税務署はすべての事業者を一斉に調べるわけではありません。

取引が複雑だったり、申告内容が不自然に低かったりといった“リスクが高い”とみなされる場合に重点的に調査が入る傾向があります。

そのため、日頃から正しい申告を心がけ、資料を丁寧に保管している事業者であれば、「調査対象リスク自体が下がる」「調査が来ても短期間で終わる」可能性が高まるのです。

税務調査が早く終わるケース

税務調査にかかる期間は、事業規模や取引の複雑さ、準備状況などによって大きく異なります。

ここでは、税務調査が早く終わりやすい特徴的なケースをいくつか取り上げます。

調査が短期間で終了する背景には「疑わしい点が少ない」「確認すべき箇所が少ない」などの理由が挙げられます。

以下のようなポイントに当てはまる場合、調査官から追加質問や深入り調査をされるリスクが低く、結果的にスムーズな進行につながるのです。

資料が適切に保存されている
会計データや領収書、請求書、契約書などを紛失せず保管していれば、調査官から求められたときにすぐ提出できます。
クラウド会計や電子取引を積極的に利用していると探しやすく、確認作業が簡単になるでしょう。
取引数が少なく、確認作業が容易
売上先や仕入れ先が限定的で、取引件数そのものが少ない場合は、調査対象となる書類が限られます。
複雑な取引が少ないことで、調査官のチェックも最小限で済むことが多いです。
確定申告の数字に明らかな誤りがない
申告内容に大きな間違いや計算ミスが見つからないと、調査官はより深い追及をする必要がなくなります。
常に正確な記帳を心がけておくことが大切です。
適正な所得金額が計上され、納税も適切に行われている
収入と所得のバランスがとれていて、納税額にも不自然な点がなければ、疑いを持たれることが少なくなります。
結果として調査期間の短縮が期待できます。
税理士が関与し、事前に修正申告を行っている
申告内容に不備があっても、税理士が早めに気づいて修正しておけば、調査時の指摘事項が減ります。
専門家が常に帳簿や申告をチェックしている事業者は、調査官からの印象も良く、早めの終了が見込まれます。

税務調査が長引くケース

反対に、税務調査が長期化するケースにはどのような特徴があるのでしょうか。

主に「書類管理や申告内容に疑問が多い場合」に調査官は徹底的な確認を行わざるを得ません。

そのため、以下のような事情に心当たりがある事業者は、日頃の管理体制を見直す必要があります。

資料がほとんど保管されていない
領収書や請求書を紛失していたり、どこに保管しているか分からない状態だと、調査官としても何度も追加確認をせざるを得ません。
取引数が非常に多い（売上先や仕入れ先、外注先が多数）
マルチに取引している事業ほど、調査官は個々の取引が適正かどうかを細かく確認します。
取引規模が大きいほどチェックすべき書類が増えるため、日数もかさみがちです。
所得金額が不自然に少ない
個人事業主の場合、生活費との兼ね合いが合わないほど所得が少ないと「隠れた収入があるのではないか」と疑われます。
その結果、徹底した調査が行われる可能性が高まります。
売上の漏れが多い
特に意図的に売上を記載していないとみなされると、調査官は追加の資料や証拠を求めて調査を深掘りします。
結果として、長引く原因となってしまうのです。

このような状況が顕著だと、税務署はより念入りな確認を行うため、調査が終わるまでに相応の時間がかかるでしょう。

経営者としては「意図的な不正はしていないつもりでも、管理の甘さが疑念を生む」というケースも多々あるため、注意が必要です。

税務調査を円滑に進めるための対策

税務調査の結果、仮に納税額に誤りがあったり、追徴課税を受けたりすると、資金繰りだけでなく信用面にも影響が及びます。

そうしたリスクを最小限に抑え、万が一調査が入ってもスムーズに終わらせるためには、以下のような日頃の対策を徹底することが鍵となります。

調査は事前準備が7割ともいわれるほど、普段からの記帳・資料管理が重要です。

ここでは、基本的ではありますが、特に押さえておきたいポイントを挙げていきます。

適切な資料管理
すべての取引に関する資料を最低7年間保管することが原則です。
領収書や請求書、契約書などは種類別にまとめ、必要に応じてすぐ取り出せるようにしておきましょう。
電子データで保管する場合は、原本の保管や電子帳簿保存法のルールを守る必要があります。
正確な記帳と申告
日々の取引をきちんと記帳し、経費や売上を正しく仕分けしておくことで、確定申告の段階で大きなミスが出にくくなります。
常に最新の売上や経費状況が把握できるようにしておくと、調査が入ってもスピーディに対応できます。
税理士との連携
税理士に依頼していない場合や、必要なときだけスポットで依頼している場合には、日頃から相談できる体制を整えておくと安心です。
専門家のアドバイスを受ければ、申告内容の誤りや経理処理の不備を早期に発見でき、調査前に修正申告を行うことも可能になります。
取引の透明性確保
できるだけ現金取引を減らし、銀行振込や電子決済を活用することで、お金の流れが明確になります。
取引ごとに誰との契約で、どのようなサービスを提供し、いくら支払ったかをはっきりさせておくほど、調査官への説明も簡単です。
生活費と事業収入のバランス
個人事業主の場合、生活費をどのように工面しているかがチェック対象になることも多いです。
収入と支出が不自然に乖離していないかを日々意識しましょう。過度に所得を低く申告すると、詳細な調査を招くリスクが高まります。

税務調査への対応準備

次に、実際に税務調査の通知が来たときに、どのような事前準備を行えばスムーズに対応できるのかを見ていきましょう。

通知を受け取ってからバタバタと書類を探し始めるのではなく、あらかじめ必要なものを整理しておくことが理想です。

調査対象期間の資料を整理する
通常、税務調査では過去数年分を確認されます。
対象期間が明確になったら、その期間の帳簿・領収書・請求書・経費明細などがスムーズに取り出せる状態か確認しましょう。
税理士に相談し、立ち会いを依頼する
もし税理士と契約している場合は、調査日が決まった段階で連絡を入れ、立ち会いを依頼します。
税理士が同席していれば、経理処理の背景説明などを専門家が代わりに行ってくれるので安心です。
事前に売上や経費の内容を再チェックする
特に誤りやすいのが「勘定科目の振り分け」と「経費の妥当性」です。
調査官からの質問を想定して、根拠を示せるようにしておきましょう。
従業員がいる場合は、調査に関する注意事項を共有する
税務調査では、調査官が従業員にもヒアリングを行うケースがあります。
調査官が訪問するタイミングや、どのような質問が想定されるかを事前に伝えておき、不要な混乱を避けましょう。
調査官の質問に対する回答をイメージする
「この経費はなぜ必要だったのか」「どういった取引相手で、取引内容は何か」など、よくある質問をリストアップし、答えを用意しておくと安心です。

税務調査中の注意点

いよいよ税務調査当日を迎えたら、調査官とのコミュニケーションが重要になります。

対応次第では、印象だけでなく調査の進め方にも影響が出るため、以下の点を意識して臨みましょう。

誠実かつ丁寧な態度で臨む
調査官は“不正を見つける”ことだけが目的ではなく、申告内容が適切かどうかを確認するのが仕事です。
必要書類を速やかに提出し、質問にも率直に答えることで、スムーズな調査に役立ちます。
質問には的確に回答し、不明な点は「わからない」と正直に伝える
曖昧な返答を繰り返すよりは、いったん調べて後日回答するほうが、信用を損ないません。
「わからないけれども調べます」という姿勢を見せることが大切です。
虚偽の説明や資料の改ざんは絶対に行わない
万が一、嘘が発覚すると追徴課税が重くなったり、悪質とみなされる可能性があります。
意図的な改ざんや事実の隠蔽は厳禁です。
調査官の指摘に対しては冷静に対応し、必要に応じて説明を求める
指摘内容を正しく理解するために「具体的にはどういった点でしょうか？」と質問して構いません。
理解があいまいなまま否定するのではなく、背景や根拠をきちんと聞いた上で意見を述べると良いでしょう。
税理士の助言を積極的に活用する
税理士が同席していると、経理処理に関する専門的な質問に即座に答えられます。
状況に応じて、税理士にフォローをお願いするのもスムーズな対応の鍵です。